Fire Emblem: Three Houses se odehrává ve světě zvaném Fódlan, kde pořádek udržuje hlavní náboženství - Church of Seiros. Jako hlavní protagonista musíte nejen bojovat v taktických soubojích, na které jste zvyklí ze série Fire Emblem, ale také se volně pohybovat a komunkovat s ostatními postavami, budovat s nimi vztahy a získávat informace.