Změny v mapě Zóny, kterou stalkeři tak dobře znali, narušily křehkou rovnováhu všech tamějších frakcí. Mezi skupinami obyvatel vypukly rozbroje a spory o nová území, místa s artefakty a sféry vlivu. Stará přátelství i nepřátelství zanikla - teď každý žije pouze sám za sebe. Zanedlouho se jednotlivé frakce pustí do války. Hlavním protagonistou je žoldák, který se ocitl na hranici znepřátelených frakcí. Váš hrdina sehraje klíčovou roli v událostech, které vedly k vytvoření Zóny až do okamžiku, kdy začíná původní hra S.T.A.L.K.E.R. Co na stalkery čeká v otevřených hlubinách Zóny? Jaká netušená nebezpečí na nových územích číhají? Jakých krveprolití se ještě dočkají? Proč se Zóna změnila? Jak tuto nestabilitu odstranit? Jaká frakce v boji zvítězí? Proč Střelec skončil v náklaďáku smrti? Co se Střelcovi stalo předtím? Měl vůbec na výběr? Odpovědi na tyto i na spoustu dalších otázek vám přinese S.T.A.L.K.E.R.: Clear Sky. Zkušení stalkeři i nováčci! V třetím čtvrtletí 2008 se Zóna opět otevře - čekají zde nové úkoly, které můžete splnit pouze vy!